Man kan godt sige, at konflikten handler om land, da den i praksis udmønter sig i en sådan strid. Men den underliggende konflikt er en kamp mellem to nationale bevægelser, nemlig den jødiske (zionismen) og den arabisk-palæstinensiske. Selvom religion altid har spillet en rolle for begge parter, er der mere tale om en kamp mellem to folk (eller nationer), som begge ønsker selvbestemmelse i det samme område.
Religion har fra starten spillet en begrænset rolle for zionismen, der i de første mange år var domineret af sekulære (ikke-religiøse) venstreorienterede jøder, som lagde mere vægt på jøderne som et folk, end som tilhængere af en religion. På den arabiske side handlede kampen mod jødisk selvbestemmelse i Palæstina heller ikke så meget om religion. Den palæstinensisk-arabiske nationale bevægelse var ganske vist fra starten domineret af religiøse muslimske ledere i Jerusalem, men drivkraften var nok mere et spørgsmål om at bekæmpe de moderne jøder for at bibeholde de eksisterende magtstrukturer.
Af ovennævnte grunde var der i mange år mere tale om en etnisk konflikt mellem to befolkningsgrupper end en religiøs konflikt. Først i de senere årtier, måske siden 1980’erne, er selve religionen begyndt at spille en større rolle på begge sider. Det ortodokse segment af den jødiske befolkning, der i mange år udgjorde en lille minoritet, har vokset sig større, samtidig med at religiøse jøder fra f.eks. USA er immigreret til Israel.
I midten af 1990’erne havde Israel problemer med nogle ekstremistiske religiøse jødiske grupper. Et medlem af en sådan gruppe begik i 1994 et terrorangreb på nogle bedende muslimer i Hebron på Vestbredden. En anden religiøs jøde skød og dræbte i 1995 Israels daværende premierminister, Yitzhak Rabin, fordi han forsøgte at indgå fred med palæstinenserne. Israel fik dog hurtigt disse ekstremistiske og voldelige grupper under kontrol. De religiøse partier i Israels parlament, Knesset, udgør også i dag en minoritet, så selvom de har en vis indflydelse på landets politik (f.eks. vedr. bosættelser), må Israel stadig karakteriseres som en sekulær stat.
Den arabisk-palæstinensiske kamp havde også i de første årtier efter etableringen af det moderne Israel karakter af en sekulær nationale bevægelse, hvor man talte om “revolution” og identificerede sig med Sovjetunionen og den europæiske venstrefløj. Først i 1980’erne fik mere religiøse kræfter, såsom organisationen Hamas, der er en aflægger af det Muslimske Broderskab, som vi kender fra Egypten, tag i palæstinenserne – til at begynde med som en modpol til det etablerede sekulære PLO.
I 2006 vandt Hamas absolut flertal i et valg til det palæstinensiske selvstyres parlament. Men den palæstinensiske præsident, Mahmoud Abbas og hans parti, Fatah, overlod ikke af den grund magten til Hamas, og i 2007 eksalerede striden mellem de to parter, hvilket resulterede i Hamas’ voldelige overtagelse af Gaza, hvor man nu har indført en slags islamistisk diktatur.
Hamas’ ideologi er, at hele det nuværende Israel er islamisk land – et synspunkt, som gør det vanskeligt at indgå et kompromis. Både Hamas i Gaza og det ellers sekulære Fatah, der regerer på Vestbredden, bruger i dag religionen til at opildne palæstinenserne til had mod både Israel og jøderne.